Als Sondermodell der R100 GS wurde ab 1989 die Ausführung „Paris-Dakar“ (Abkürzung: PD) angeboten. Diese unterschied sich von der Standardversion durch einen 35-Liter-Tank mit Staufach, eine rahmenfeste Verkleidung, einen Rechteckscheinwerfer, eine neue Instrumentenkonsole, einen vergrößerten Motorschutz, eine vordere Kotflügelverbreiterung sowie eine serienmäßige Einzelsitzbank, die wahlweise durch eine Doppelsitzbank ersetzt werden konnte. Mit dem Modelljahr 1991 bekam auch das Standardmodell eine ähnliche rahmenfeste Verkleidung mit Rechteckscheinwerfer in Verbindung mit weiteren Veränderungen.