Die Bischofskapelle, auch als Herz-Jesu-Kapelle bezeichnet, mit dem Herz-Jesu-Altar befindet sich an der rechten und der Empore zugewandten Schnittkante des Langhauses mit dem Querschiff. Die vier Fenstern sind den Heiligen Ambrosius von Mailand (Kirchenlehrer), Altmann von Passau (Gründer des Stiftes Göttweig), Klemens Maria Hofbauer (Stadtpatron von Wien) und dem Papst Pius II. gewidmet. Der Altar ist aus Laaser Marmor.